تتبع المكتبة مكتبتان فرعيتان
فقط، وهما:
1. مكتبة كلية الزراعة: وهي المكتبة الوحيدة في غزة
نظرًا لانفراد جامعة الأزهر بغزة في وجود كلية الزراعة، وهي
تزخر بالكتب المتخصصة في مجال الزراعة والإنتاج النباتي
والحيواني.
ملاحظة هامة:
تم مؤخرًا الاعتداء على الكلية من قبل الاحتلال الإسرائيلي في
حربه على غزة عام 2009 وتدميرها بالكامل؛ مما اضطر إدارة
الجامعة إلى دمج ما تبقى من مكتبة الكلية في المكتبة المركزية.

2. مكتبة كلية الهندسة وتكنولوجيا المعلومات: وهذه
المكتبة تزخر بالكتب والمصادر الحديثة المتخصصة في مجال
الحاسوب وهندسة الاتصالات وتكنولوجيا المعلومات، ومقرها الآن
في الكلية في مبنى الجامعة الرئيس. |