بدأت كلية العلوم في العام الجامعي (1991/1992) بقسمين رئيسيين هما الرياضيات والفيزياء لتضم بعد ذلك أقسام أخرى هي : الكيمياء والأحياء والجيولوجيا ليصبح مجموع ما تقدمه كلية العلوم في التخصصات العلمية الآن (13) برنامجًا علميًا لنيل درجة البكالوريوس في كلية العلوم و(5) برامج علمية لطلبة كلية التربية (القسم العلمي) إضافة لبرامج الماجستير في الكيمياء والرياضيات و العلوم الحياتية بالإضافة إلى برامج معدة قيد الاعتراف من قبل وزارة التربية و التعليم العالي مثل ماجستير الفيزياء و أخرى تحت الإعداد بما يتواكب مع التطور التكنولوجي و العلمي و يتناسب مع حاجات المجتمع الفلسطيني المختلفة، وتؤكد كل الدلائل والمؤشرات على سلامة النهج العلمي الرصين لهذه الكلية وذلك من خلال ما يتم تلقيه من تغذية راجعة من سوق العمل .
ويتوفر في كلية العلوم حوالي (31) مختبرًا تدريسيًا وبحثيًا في كافة التخصصات مزودة بأحدث الأجهزة العلمية المتخصصة بالإضافة إلى مختبر متطور للحاسوب و مختبر مجهز بأحدث التجهيزات لتدريب طلبة كلية الدراسات المتوسطة وتخصص فني مختبر،وتقوم الأقسام المختلفة بالكلية بمتابعة تحديث التجهيزات التقنية والتعليمية وتطوير المختبرات لتتناسب مع تزايد أعداد الطلبة وبما يخدم برامج الدراسات العليا.
من الجدير ذكره أن كلية العلوم كانت الحاضنة الأولى لتخصصات تطورت فيما بعد إلى كليتين في الجامعة هما كلية العلوم الطبية التطبيقية (في العام 1997) وكلية الحاسوب وتكنولوجيا المعلومات (في العام 2001).